Hội đồng được lãnh đạo bởi một chủ tịch đoàn gồm 12 đại biểu và một chủ tịch được phiên họp toàn thể bầu chọn ra mỗi năm một lần. Chức chủ tịch luân phiên thay đổi giữa các nước hội viên.

Nhiệm vụ hàng đầu của chủ tịch đoàn là:

• xử lý các vụ việc về chính trị và hành chính cấp cao
• xử lý các vấn đề thuộc chính sách an ninh và đối ngoại
• tiếp xúc mật thiết với các tổ chức quốc tế và các tổ chức của các vùng lân cận
• xử lý ngân sách của Hội đồng

Hội đồng Bắc Âu đặt trụ sở tại Copenhagen cùng chung địa chỉ với Hội đồng bộ trưởng Bắc Âu và mỗi đoàn có các văn phòng ở từng nước hội viên.